Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Patricia Sobecky",
2
  "author": "Patricia Sobecky",
            
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
            
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
            
5
  "extras": [
5
  "extras": [
            
6
    {
6
    {
            
7
      "key": "DOI",
7
      "key": "DOI",
            
8
      "value": "doi:10.7266/T9N52Q58"
8
      "value": "doi:10.7266/T9N52Q58"
            
9
    },
9
    },
            
10
    {
10
    {
            
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
            
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
            
13
    },
13
    },
            
14
    {
14
    {
            
15
      "key": "Place Keywords",
15
      "key": "Place Keywords",
            
16
      "value": "Chandeleur Island, Louisiana, Gulf of Mexico"
16
      "value": "Chandeleur Island, Louisiana, Gulf of Mexico"
            
17
    },
17
    },
            
18
    {
18
    {
            
19
      "key": "Temporal Begin",
19
      "key": "Temporal Begin",
            
20
      "value": "2017-05-30"
20
      "value": "2017-05-30"
            
21
    },
21
    },
            
22
    {
22
    {
            
23
      "key": "Temporal End",
23
      "key": "Temporal End",
            
24
      "value": "2018-06-13"
24
      "value": "2018-06-13"
            
25
    },
25
    },
            
26
    {
26
    {
            
27
      "key": "Theme Keywords",
27
      "key": "Theme Keywords",
            
28
      "value": "functional marker genes, Spartina sp., Avicennia sp., 
28
      "value": "functional marker genes, Spartina sp., Avicennia sp., 
            
29
salt marsh, long-term oil exposure, denitrification"
29
salt marsh, long-term oil exposure, denitrification"
            
30
    },
30
    },
            
31
    {
31
    {
            
32
      "key": "spatial",
32
      "key": "spatial",
            
33
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
33
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
            
34
-88.841472, 29.927599 ], [ -88.829308, 29.927599 ], [ -88.829308, 
34
-88.841472, 29.927599 ], [ -88.829308, 29.927599 ], [ -88.829308, 
            
35
29.86375 ], [ -88.841472, 29.86375 ], [ -88.841472, 29.927599 ] ] ] }"
35
29.86375 ], [ -88.841472, 29.86375 ], [ -88.841472, 29.927599 ] ] ] }"
            
36
    }
36
    }
            
37
  ],
37
  ],
            
38
  "groups": [],
38
  "groups": [],
            
39
  "id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
39
  "id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
            
40
  "isopen": false,
40
  "isopen": false,
            
41
  "license_id": null,
41
  "license_id": null,
            
42
  "license_title": null,
42
  "license_title": null,
            
43
  "maintainer": "data@disl.org",
43
  "maintainer": "data@disl.org",
            
44
  "maintainer_email": "data@disl.org",
44
  "maintainer_email": "data@disl.org",
            
45
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:39.139533",
45
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:39.139533",
            
n
46
  "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:39.587434",
n
46
  "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:40.178979",
            
47
  "name": 
47
  "name": 
            
48
al-marker-gene-abundance-from-sediments-associated-with-co-ot9n52q58",
48
al-marker-gene-abundance-from-sediments-associated-with-co-ot9n52q58",
            
49
  "notes": "### Abstract\nThis dataset was generated from a study in 
49
  "notes": "### Abstract\nThis dataset was generated from a study in 
            
50
which sediments were collected from Chandeleur Islands salt marshes to 
50
which sediments were collected from Chandeleur Islands salt marshes to 
            
51
examine the effect of oil exposure on denitrifier functional abundance 
51
examine the effect of oil exposure on denitrifier functional abundance 
            
52
within sediments associated with Avicennia sp. and Spartina sp. 
52
within sediments associated with Avicennia sp. and Spartina sp. 
            
53
Genomic DNA was extracted from the top 0-7cm of sediment cores at five 
53
Genomic DNA was extracted from the top 0-7cm of sediment cores at five 
            
54
time points over the course of 2 years (2017-2018) from two salt marsh 
54
time points over the course of 2 years (2017-2018) from two salt marsh 
            
55
sampling sites at the Chandeleur Islands. Additional data from this 
55
sampling sites at the Chandeleur Islands. Additional data from this 
            
56
study can be found under GRIIDC Unique Dataset Identifier (UDI): 
56
study can be found under GRIIDC Unique Dataset Identifier (UDI): 
            
57
R4.x262.000:0052 (DOI: 10.7266/4BSSB0AZ).\n\n### Purpose\nThe purpose 
57
R4.x262.000:0052 (DOI: 10.7266/4BSSB0AZ).\n\n### Purpose\nThe purpose 
            
58
of this study was to enumerate genes involved in denitrification from 
58
of this study was to enumerate genes involved in denitrification from 
            
59
sediment samples associated with Avicennia sp. and Spartina sp. from 
59
sediment samples associated with Avicennia sp. and Spartina sp. from 
            
60
the Chandeleur Islands.\n\n**DOI: 
60
the Chandeleur Islands.\n\n**DOI: 
            
61
[doi:10.7266/T9N52Q58](https://www.doi.org/10.7266/T9N52Q58)**\n\n### 
61
[doi:10.7266/T9N52Q58](https://www.doi.org/10.7266/T9N52Q58)**\n\n### 
            
62
Suggested Citation\nPatrice Crawford, Nikaela Flournoy. 2019. 
62
Suggested Citation\nPatrice Crawford, Nikaela Flournoy. 2019. 
            
63
Quantifying denitrifier functional marker gene abundance from 
63
Quantifying denitrifier functional marker gene abundance from 
            
64
sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina sp. 
64
sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina sp. 
            
65
in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post Deepwater 
65
in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post Deepwater 
            
66
Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13. Distributed by: Gulf of Mexico 
66
Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13. Distributed by: Gulf of Mexico 
            
67
Research Initiative Information and Data Cooperative (GRIIDC), Harte 
67
Research Initiative Information and Data Cooperative (GRIIDC), Harte 
            
68
Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus Christi. 
68
Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus Christi. 
            
69
doi:10.7266/T9N52Q58\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico Research 
69
doi:10.7266/T9N52Q58\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico Research 
            
70
Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research group:** 
70
Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research group:** 
            
71
Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
71
Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
            
n
72
  "num_resources": 1,
n
72
  "num_resources": 2,
            
73
  "num_tags": 9,
73
  "num_tags": 9,
            
74
  "organization": {
74
  "organization": {
            
75
    "approval_status": "approved",
75
    "approval_status": "approved",
            
76
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
76
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
            
77
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab organization.",
77
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab organization.",
            
78
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
78
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
79
    "image_url": "",
79
    "image_url": "",
            
80
    "is_organization": true,
80
    "is_organization": true,
            
81
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
81
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
            
82
    "state": "active",
82
    "state": "active",
            
83
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
83
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
            
84
    "type": "organization"
84
    "type": "organization"
            
85
  },
85
  },
            
86
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
86
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
87
  "private": false,
87
  "private": false,
            
88
  "relationships_as_object": [],
88
  "relationships_as_object": [],
            
89
  "relationships_as_subject": [],
89
  "relationships_as_subject": [],
            
90
  "resources": [
90
  "resources": [
            
91
    {
91
    {
            
92
      "cache_last_updated": null,
92
      "cache_last_updated": null,
            
93
      "cache_url": null,
93
      "cache_url": null,
            
94
      "created": "2022-07-27T14:34:39.631447",
94
      "created": "2022-07-27T14:34:39.631447",
            
95
      "datastore_active": false,
95
      "datastore_active": false,
            
96
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
96
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
            
97
      "description": null,
97
      "description": null,
            
98
      "format": "XML",
98
      "format": "XML",
            
99
      "hash": "",
99
      "hash": "",
            
100
      "id": "1fbb8936-6ace-470d-9c70-697709a7cdca",
100
      "id": "1fbb8936-6ace-470d-9c70-697709a7cdca",
            
101
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:39.575447",
101
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:39.575447",
            
n
102
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:39.593757",
n
102
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:40.185102",
            
103
      "mimetype": "application/xml",
103
      "mimetype": "application/xml",
            
104
      "mimetype_inner": null,
104
      "mimetype_inner": null,
            
105
      "name": "R4.x262.000-0054-metadata.xml",
105
      "name": "R4.x262.000-0054-metadata.xml",
            
106
      "package_id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
106
      "package_id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
            
107
      "position": 0,
107
      "position": 0,
            
108
      "resource_type": null,
108
      "resource_type": null,
            
109
      "size": 27274,
109
      "size": 27274,
            
110
      "state": "active",
110
      "state": "active",
            
111
      "url": 
111
      "url": 
            
112
6-6ace-470d-9c70-697709a7cdca/download/r4.x262.000-0054-metadata.xml",
112
6-6ace-470d-9c70-697709a7cdca/download/r4.x262.000-0054-metadata.xml",
            
t
t
113
      "url_type": "upload"
            
114
    },
            
115
    {
            
116
      "cache_last_updated": null,
            
117
      "cache_url": null,
            
118
      "created": "2022-07-27T14:34:40.224033",
            
119
      "datastore_active": false,
            
120
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
            
121
      "description": null,
            
122
      "format": "CSV",
            
123
      "hash": "",
            
124
      "id": "3c941bf6-a053-4204-8510-41cb6820b78e",
            
125
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:40.164947",
            
126
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:40.185554",
            
127
      "mimetype": "text/csv",
            
128
      "mimetype_inner": null,
            
129
      "name": 
            
130
"Quantify_denitrifier_functinal_marker_Chandeleur_2017_2018.csv",
            
131
      "package_id": "9dc89691-0998-4a23-8a46-a75f913d50d6",
            
132
      "position": 1,
            
133
      "resource_type": null,
            
134
      "size": 63421,
            
135
      "state": "active",
            
136
      "url": 
            
137
nload/quantify_denitrifier_functinal_marker_chandeleur_2017_2018.csv",
            
113
      "url_type": "upload"
138
      "url_type": "upload"
            
114
    }
139
    }
            
115
  ],
140
  ],
            
116
  "state": "active",
141
  "state": "active",
            
117
  "tags": [
142
  "tags": [
            
118
    {
143
    {
            
119
      "display_name": "Avicennia sp.",
144
      "display_name": "Avicennia sp.",
            
120
      "id": "754f5589-bd7c-482e-973d-5f475c6608f7",
145
      "id": "754f5589-bd7c-482e-973d-5f475c6608f7",
            
121
      "name": "Avicennia sp.",
146
      "name": "Avicennia sp.",
            
122
      "state": "active",
147
      "state": "active",
            
123
      "vocabulary_id": null
148
      "vocabulary_id": null
            
124
    },
149
    },
            
125
    {
150
    {
            
126
      "display_name": "Chandeleur Island",
151
      "display_name": "Chandeleur Island",
            
127
      "id": "175c643b-3e3a-4320-a57c-ea9e71576cd9",
152
      "id": "175c643b-3e3a-4320-a57c-ea9e71576cd9",
            
128
      "name": "Chandeleur Island",
153
      "name": "Chandeleur Island",
            
129
      "state": "active",
154
      "state": "active",
            
130
      "vocabulary_id": null
155
      "vocabulary_id": null
            
131
    },
156
    },
            
132
    {
157
    {
            
133
      "display_name": "Gulf of Mexico",
158
      "display_name": "Gulf of Mexico",
            
134
      "id": "26b2a6bc-e01b-4c22-9d3f-5bbcd148cc4f",
159
      "id": "26b2a6bc-e01b-4c22-9d3f-5bbcd148cc4f",
            
135
      "name": "Gulf of Mexico",
160
      "name": "Gulf of Mexico",
            
136
      "state": "active",
161
      "state": "active",
            
137
      "vocabulary_id": null
162
      "vocabulary_id": null
            
138
    },
163
    },
            
139
    {
164
    {
            
140
      "display_name": "Louisiana",
165
      "display_name": "Louisiana",
            
141
      "id": "d7699c97-9202-4624-bb36-265d2a628a57",
166
      "id": "d7699c97-9202-4624-bb36-265d2a628a57",
            
142
      "name": "Louisiana",
167
      "name": "Louisiana",
            
143
      "state": "active",
168
      "state": "active",
            
144
      "vocabulary_id": null
169
      "vocabulary_id": null
            
145
    },
170
    },
            
146
    {
171
    {
            
147
      "display_name": "Spartina sp.",
172
      "display_name": "Spartina sp.",
            
148
      "id": "1835055f-23b1-41b0-92ea-ca953e4de53b",
173
      "id": "1835055f-23b1-41b0-92ea-ca953e4de53b",
            
149
      "name": "Spartina sp.",
174
      "name": "Spartina sp.",
            
150
      "state": "active",
175
      "state": "active",
            
151
      "vocabulary_id": null
176
      "vocabulary_id": null
            
152
    },
177
    },
            
153
    {
178
    {
            
154
      "display_name": "denitrification",
179
      "display_name": "denitrification",
            
155
      "id": "ef3cdb87-1cb1-463e-b2d0-5d94ea0794b0",
180
      "id": "ef3cdb87-1cb1-463e-b2d0-5d94ea0794b0",
            
156
      "name": "denitrification",
181
      "name": "denitrification",
            
157
      "state": "active",
182
      "state": "active",
            
158
      "vocabulary_id": null
183
      "vocabulary_id": null
            
159
    },
184
    },
            
160
    {
185
    {
            
161
      "display_name": "functional marker genes",
186
      "display_name": "functional marker genes",
            
162
      "id": "09303018-72ac-4463-a3ce-ac11a7116232",
187
      "id": "09303018-72ac-4463-a3ce-ac11a7116232",
            
163
      "name": "functional marker genes",
188
      "name": "functional marker genes",
            
164
      "state": "active",
189
      "state": "active",
            
165
      "vocabulary_id": null
190
      "vocabulary_id": null
            
166
    },
191
    },
            
167
    {
192
    {
            
168
      "display_name": "long-term oil exposure",
193
      "display_name": "long-term oil exposure",
            
169
      "id": "16757d03-8ba3-4ebd-aa57-723ed06cd1b3",
194
      "id": "16757d03-8ba3-4ebd-aa57-723ed06cd1b3",
            
170
      "name": "long-term oil exposure",
195
      "name": "long-term oil exposure",
            
171
      "state": "active",
196
      "state": "active",
            
172
      "vocabulary_id": null
197
      "vocabulary_id": null
            
173
    },
198
    },
            
174
    {
199
    {
            
175
      "display_name": "salt marsh",
200
      "display_name": "salt marsh",
            
176
      "id": "5c257f3f-a48e-47b6-a1cc-4113dc5cea33",
201
      "id": "5c257f3f-a48e-47b6-a1cc-4113dc5cea33",
            
177
      "name": "salt marsh",
202
      "name": "salt marsh",
            
178
      "state": "active",
203
      "state": "active",
            
179
      "vocabulary_id": null
204
      "vocabulary_id": null
            
180
    }
205
    }
            
181
  ],
206
  ],
            
182
  "title": "Quantifying denitrifier functional marker gene abundance 
207
  "title": "Quantifying denitrifier functional marker gene abundance 
            
183
from sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina 
208
from sediments associated with co-occurring Avicennia sp. and Spartina 
            
184
sp. in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post 
209
sp. in Chandeleur Islands salt marsh seven and eight years post 
            
185
Deepwater Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13",
210
Deepwater Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13",
            
186
  "type": "dataset",
211
  "type": "dataset",
            
187
  "url": null,
212
  "url": null,
            
188
  "version": null
213
  "version": null
            
189
}
214
}