Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Patricia Sobecky",
2
  "author": "Patricia Sobecky",
            
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
            
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
            
5
  "extras": [
5
  "extras": [
            
6
    {
6
    {
            
7
      "key": "DOI",
7
      "key": "DOI",
            
8
      "value": "doi:10.7266/VGZXJT9F"
8
      "value": "doi:10.7266/VGZXJT9F"
            
9
    },
9
    },
            
10
    {
10
    {
            
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
            
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
            
13
    },
13
    },
            
14
    {
14
    {
            
15
      "key": "Theme Keywords",
15
      "key": "Theme Keywords",
            
16
      "value": "denitrification, functional marker gene abundance, 
16
      "value": "denitrification, functional marker gene abundance, 
            
17
mesocosm, oil contamination"
17
mesocosm, oil contamination"
            
18
    }
18
    }
            
19
  ],
19
  ],
            
20
  "groups": [],
20
  "groups": [],
            
21
  "id": "6d53b10d-1e06-4c54-8144-aacdbfee9204",
21
  "id": "6d53b10d-1e06-4c54-8144-aacdbfee9204",
            
22
  "isopen": false,
22
  "isopen": false,
            
23
  "license_id": null,
23
  "license_id": null,
            
24
  "license_title": null,
24
  "license_title": null,
            
25
  "maintainer": "data@disl.org",
25
  "maintainer": "data@disl.org",
            
26
  "maintainer_email": "data@disl.org",
26
  "maintainer_email": "data@disl.org",
            
27
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:33.856771",
27
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:33.856771",
            
n
28
  "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:02.039511",
n
28
  "metadata_modified": "2022-10-10T21:20:21.398310",
            
29
  "name": 
29
  "name": 
            
30
al-marker-gene-abundance-from-sediments-associated-with-genovgzxjt9f",
30
al-marker-gene-abundance-from-sediments-associated-with-genovgzxjt9f",
            
31
  "notes": "### Abstract\nThis data was generated from a a mesocosm 
31
  "notes": "### Abstract\nThis data was generated from a a mesocosm 
            
32
project to examine the effect of oil exposure on denitrifier 
32
project to examine the effect of oil exposure on denitrifier 
            
33
functional abundance within sediments associated with genotypically 
33
functional abundance within sediments associated with genotypically 
            
34
diverse plant species. Sediments samples were collected from control 
34
diverse plant species. Sediments samples were collected from control 
            
35
and oil-amended mesocosms set up at Dauphin Island Sea Lab that 
35
and oil-amended mesocosms set up at Dauphin Island Sea Lab that 
            
36
consisted of Avicennia germinans (black mangrove) co-occurring with 
36
consisted of Avicennia germinans (black mangrove) co-occurring with 
            
37
mono- or polycultures of Spartina alterniflora (smooth cord grass). 
37
mono- or polycultures of Spartina alterniflora (smooth cord grass). 
            
38
Data were collected in triplicates from control and amended mesocosms 
38
Data were collected in triplicates from control and amended mesocosms 
            
39
at three time points, before treatment in September 2015, 6 months 
39
at three time points, before treatment in September 2015, 6 months 
            
40
after treatment in April 2016, and 11 months after treatment in 
40
after treatment in April 2016, and 11 months after treatment in 
            
41
September 2016. Additional data from this mesocosm study can be found 
41
September 2016. Additional data from this mesocosm study can be found 
            
42
in GRIIDC datasets R4.x262.000:0021, R4.x262.000:0026, and 
42
in GRIIDC datasets R4.x262.000:0021, R4.x262.000:0026, and 
            
43
R4.x262.000:0034.\n\n### Purpose\nThe purpose of this study was to 
43
R4.x262.000:0034.\n\n### Purpose\nThe purpose of this study was to 
            
44
enumerate genes involved in denitrification from mesocosm sediment 
44
enumerate genes involved in denitrification from mesocosm sediment 
            
45
samples associated with mono- and polycultures of Spartina 
45
samples associated with mono- and polycultures of Spartina 
            
46
alterniflora co-occuring with Avicennia germinans that either were or 
46
alterniflora co-occuring with Avicennia germinans that either were or 
            
47
weren\u2019t exposed to oiling.\n\n**DOI: 
47
weren\u2019t exposed to oiling.\n\n**DOI: 
            
48
[doi:10.7266/VGZXJT9F](https://www.doi.org/10.7266/VGZXJT9F)**\n\n### 
48
[doi:10.7266/VGZXJT9F](https://www.doi.org/10.7266/VGZXJT9F)**\n\n### 
            
49
Suggested Citation\nPatrice Crawford, Nikaela Flournoy. 2019. 
49
Suggested Citation\nPatrice Crawford, Nikaela Flournoy. 2019. 
            
50
Quantifying denitrifier functional marker gene abundance from 
50
Quantifying denitrifier functional marker gene abundance from 
            
51
sediments associated with genotypically diverse plant types: A 
51
sediments associated with genotypically diverse plant types: A 
            
52
mesocosms study in April and September 2016. Distributed by: Gulf of 
52
mesocosms study in April and September 2016. Distributed by: Gulf of 
            
53
Mexico Research Initiative Information and Data Cooperative (GRIIDC), 
53
Mexico Research Initiative Information and Data Cooperative (GRIIDC), 
            
54
Harte Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus Christi. 
54
Harte Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus Christi. 
            
55
doi:10.7266/VGZXJT9F\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico Research 
55
doi:10.7266/VGZXJT9F\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico Research 
            
56
Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research group:** 
56
Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research group:** 
            
57
Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
57
Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
            
58
  "num_resources": 2,
58
  "num_resources": 2,
            
n
59
  "num_tags": 4,
n
59
  "num_tags": 0,
            
60
  "organization": {
60
  "organization": {
            
61
    "approval_status": "approved",
61
    "approval_status": "approved",
            
62
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
62
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
            
n
63
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab organization.",
n
63
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab's (DISL) mission is to 
            
64
become a center for transformative U.S. oceanic and coastal research 
            
65
and education.. Founded in 1971 by the State of Alabama Legislature to 
            
66
maximize the marine sciences capabilities of several Alabama 
            
67
institutions and minimize duplication. \r\n\r\nLocated on the eastern 
            
68
tip of Dauphin Island, a barrier island in the northern Gulf of 
            
69
Mexico, DISL is surrounded by Mobile Bay, the Mississippi Sound, and 
            
70
the waters of the Gulf, making it a perfect location to conduct a wide 
            
71
range of marine science activity. \r\n\r\n[The University Programs 
            
72
(UP)](https://www.disl.edu/univ-prog/) serves the students of the 
            
73
Marine Environmental Sciences Consortium\u2019s (MESC) 22 public and 
            
74
private four-year colleges and universities through graduate and 
            
75
undergraduate programs. Throughout the year, graduate students conduct 
            
76
research, and attend classes while completing their degree under the 
            
77
mentorship of faculty and staff at the Dauphin Island Sea Lab.  
            
78
\r\n\r\n[The Discovery Hall Programs (DHP)](https://www.disl.edu/dhp/) 
            
79
oversees educational programs for K-12 field programs, 
            
80
teacher-training, and community outreach opportunities.  \r\n[The 
            
81
Estuarium](https://www.disl.edu/aquarium/), our public aquarium 
            
82
located on the Dauphin Island Sea Lab campus, is a part of DHP's 
            
83
educational outreach mission. The Estuarium focuses solely on the 
            
84
Mobile-Tensaw Estuary System. The BayMobile allows DHP educators to 
            
85
bring marine science to students across Alabama in the classroom and 
            
86
at community events. \r\n\r\nResearch programs at the Dauphin Island 
            
87
Sea Lab range from biogeochemistry and oceanography to ecosystem 
            
88
ecology. While much of our research focuses on the near-shore and 
            
89
estuarine processes of the northern Gulf of Mexico, field sites of our 
            
90
internationally-renowned faculty also include the Arctic, Mexico, 
            
91
Australia, and other countries.\r\n\r\nThe Dauphin Island Sea Lab also 
            
92
offers state and local government, industry, and agency 
            
93
decision-makers a range of coastal zone management services, including 
            
94
access to the nationally acclaimed data management center. Armed with 
            
95
data through the DISL data management center, entities can make 
            
96
well-informed decisions and sound policies while considering 
            
97
environmental impact. Another key contributor to successful coastal 
            
98
zone management is the Mobile Bay National Estuary Program, which 
            
99
falls within the services of DISL.\r\n\r\n",
            
64
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
100
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
n
65
    "image_url": "",
n
101
    "image_url": 
            
102
"2022-07-29-144848.512466DISL-centered-logo-w-Tag-CMYK.svg",
            
66
    "is_organization": true,
103
    "is_organization": true,
            
67
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
104
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
            
68
    "state": "active",
105
    "state": "active",
            
69
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
106
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
            
70
    "type": "organization"
107
    "type": "organization"
            
71
  },
108
  },
            
72
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
109
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
73
  "private": false,
110
  "private": false,
            
74
  "relationships_as_object": [],
111
  "relationships_as_object": [],
            
75
  "relationships_as_subject": [],
112
  "relationships_as_subject": [],
            
76
  "resources": [
113
  "resources": [
            
77
    {
114
    {
            
78
      "cache_last_updated": null,
115
      "cache_last_updated": null,
            
79
      "cache_url": null,
116
      "cache_url": null,
            
80
      "created": "2022-07-27T14:34:34.332398",
117
      "created": "2022-07-27T14:34:34.332398",
            
81
      "datastore_active": false,
118
      "datastore_active": false,
            
82
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
119
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
            
83
      "description": null,
120
      "description": null,
            
84
      "format": "XML",
121
      "format": "XML",
            
85
      "hash": "",
122
      "hash": "",
            
86
      "id": "8b118d78-6db3-4dc4-9d72-138a1438e30b",
123
      "id": "8b118d78-6db3-4dc4-9d72-138a1438e30b",
            
87
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:34.295477",
124
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:34.295477",
            
88
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:34.753742",
125
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:34.753742",
            
89
      "mimetype": "application/xml",
126
      "mimetype": "application/xml",
            
90
      "mimetype_inner": null,
127
      "mimetype_inner": null,
            
91
      "name": "R4.x262.000-0051-metadata.xml",
128
      "name": "R4.x262.000-0051-metadata.xml",
            
92
      "package_id": "6d53b10d-1e06-4c54-8144-aacdbfee9204",
129
      "package_id": "6d53b10d-1e06-4c54-8144-aacdbfee9204",
            
93
      "position": 0,
130
      "position": 0,
            
94
      "resource_type": null,
131
      "resource_type": null,
            
95
      "size": 24589,
132
      "size": 24589,
            
96
      "state": "active",
133
      "state": "active",
            
97
      "url": 
134
      "url": 
            
98
8-6db3-4dc4-9d72-138a1438e30b/download/r4.x262.000-0051-metadata.xml",
135
8-6db3-4dc4-9d72-138a1438e30b/download/r4.x262.000-0051-metadata.xml",
            
99
      "url_type": "upload"
136
      "url_type": "upload"
            
100
    },
137
    },
            
101
    {
138
    {
            
102
      "cache_last_updated": null,
139
      "cache_last_updated": null,
            
103
      "cache_url": null,
140
      "cache_url": null,
            
104
      "ckan_url": "https://data.disl.edu",
141
      "ckan_url": "https://data.disl.edu",
            
105
      "created": "2022-07-27T14:34:34.771298",
142
      "created": "2022-07-27T14:34:34.771298",
            
106
      "datastore_active": true,
143
      "datastore_active": true,
            
107
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": true,
144
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": true,
            
108
      "description": null,
145
      "description": null,
            
109
      "format": "CSV",
146
      "format": "CSV",
            
110
      "hash": "b20f722b961a9a40b62a7e0a47c7f227",
147
      "hash": "b20f722b961a9a40b62a7e0a47c7f227",
            
111
      "id": "99810e10-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370",
148
      "id": "99810e10-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370",
            
n
112
      "ignore_hash": false,
n
149
      "ignore_hash": true,
            
113
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:34.738272",
150
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:34.738272",
            
114
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:02.053904",
151
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:02.053904",
            
115
      "mimetype": "text/csv",
152
      "mimetype": "text/csv",
            
116
      "mimetype_inner": null,
153
      "mimetype_inner": null,
            
117
      "name": "Mesocosm_qPCRcopies.PC.v2.csv",
154
      "name": "Mesocosm_qPCRcopies.PC.v2.csv",
            
118
      "original_url": 
155
      "original_url": 
            
119
0-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370/download/mesocosm_qpcrcopies.pc.v2.csv",
156
0-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370/download/mesocosm_qpcrcopies.pc.v2.csv",
            
120
      "package_id": "6d53b10d-1e06-4c54-8144-aacdbfee9204",
157
      "package_id": "6d53b10d-1e06-4c54-8144-aacdbfee9204",
            
121
      "position": 1,
158
      "position": 1,
            
122
      "resource_id": "99810e10-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370",
159
      "resource_id": "99810e10-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370",
            
123
      "resource_type": null,
160
      "resource_type": null,
            
124
      "set_url_type": false,
161
      "set_url_type": false,
            
125
      "size": 13342,
162
      "size": 13342,
            
126
      "state": "active",
163
      "state": "active",
            
n
127
      "task_created": "2022-07-27 14:34:34.959114",
n
164
      "task_created": "2022-10-10 21:15:15.172672",
            
128
      "url": 
165
      "url": 
            
129
0-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370/download/mesocosm_qpcrcopies.pc.v2.csv",
166
0-f5ef-4bef-9223-9bc2e5a56370/download/mesocosm_qpcrcopies.pc.v2.csv",
            
130
      "url_type": "upload"
167
      "url_type": "upload"
            
131
    }
168
    }
            
132
  ],
169
  ],
            
133
  "state": "active",
170
  "state": "active",
            
t
134
  "tags": [
t
171
  "tags": [],
            
135
    {

            
136
      "display_name": "denitrification",

            
137
      "id": "ef3cdb87-1cb1-463e-b2d0-5d94ea0794b0",

            
138
      "name": "denitrification",

            
139
      "state": "active",

            
140
      "vocabulary_id": null

            
141
    },

            
142
    {

            
143
      "display_name": "functional marker gene abundance",

            
144
      "id": "cbabab4f-207f-45ba-9623-0bbaba1f047e",

            
145
      "name": "functional marker gene abundance",

            
146
      "state": "active",

            
147
      "vocabulary_id": null

            
148
    },

            
149
    {

            
150
      "display_name": "mesocosm",

            
151
      "id": "9333be78-cf5d-4704-80af-eb8209dc6428",

            
152
      "name": "mesocosm",

            
153
      "state": "active",

            
154
      "vocabulary_id": null

            
155
    },

            
156
    {

            
157
      "display_name": "oil contamination",

            
158
      "id": "c35d732a-94ad-4faa-9b67-4756918be772",

            
159
      "name": "oil contamination",

            
160
      "state": "active",

            
161
      "vocabulary_id": null

            
162
    }

            
163
  ],

            
164
  "title": "Quantifying denitrifier functional marker gene abundance 
172
  "title": "Quantifying denitrifier functional marker gene abundance 
            
165
from sediments associated with genotypically diverse plant types: A 
173
from sediments associated with genotypically diverse plant types: A 
            
166
mesocosms study in April and September 2016",
174
mesocosms study in April and September 2016",
            
167
  "type": "dataset",
175
  "type": "dataset",
            
168
  "url": null,
176
  "url": null,
            
169
  "version": null
177
  "version": null
            
170
}
178
}