Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "Patricia Sobecky",
2
  "author": "Patricia Sobecky",
            
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
3
  "author_email": "psobecky@ua.edu",
            
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
4
  "creator_user_id": "851c91e4-6343-45af-967a-20a33797707e",
            
5
  "extras": [
5
  "extras": [
            
6
    {
6
    {
            
7
      "key": "DOI",
7
      "key": "DOI",
            
8
      "value": "doi:10.7266/4BSSB0AZ"
8
      "value": "doi:10.7266/4BSSB0AZ"
            
9
    },
9
    },
            
10
    {
10
    {
            
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
11
      "key": "ISO.pointOfContact",
            
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
12
      "value": "Patricia Sobecky <psobecky@ua.edu>"
            
13
    },
13
    },
            
14
    {
14
    {
            
15
      "key": "ISO.pointOfContact.1",
15
      "key": "ISO.pointOfContact.1",
            
16
      "value": "Nikaela Flournoy <nyflournoy@crimson.ua.edu>"
16
      "value": "Nikaela Flournoy <nyflournoy@crimson.ua.edu>"
            
17
    },
17
    },
            
18
    {
18
    {
            
19
      "key": "Place Keywords",
19
      "key": "Place Keywords",
            
20
      "value": "Chandeleur Island, Louisiana, Gulf of Mexico"
20
      "value": "Chandeleur Island, Louisiana, Gulf of Mexico"
            
21
    },
21
    },
            
22
    {
22
    {
            
23
      "key": "Temporal Begin",
23
      "key": "Temporal Begin",
            
24
      "value": "2017-05-30"
24
      "value": "2017-05-30"
            
25
    },
25
    },
            
26
    {
26
    {
            
27
      "key": "Temporal End",
27
      "key": "Temporal End",
            
28
      "value": "2018-06-13"
28
      "value": "2018-06-13"
            
29
    },
29
    },
            
30
    {
30
    {
            
31
      "key": "Theme Keywords",
31
      "key": "Theme Keywords",
            
32
      "value": "16S rRNA, microbial diversity, Spartina sp., Avicennia 
32
      "value": "16S rRNA, microbial diversity, Spartina sp., Avicennia 
            
33
sp., salt marsh, long-term oil exposure, smooth cordgrass, black 
33
sp., salt marsh, long-term oil exposure, smooth cordgrass, black 
            
34
mangrove"
34
mangrove"
            
35
    },
35
    },
            
36
    {
36
    {
            
37
      "key": "spatial",
37
      "key": "spatial",
            
38
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
38
      "value": "{ \"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [ [ [ 
            
39
-88.841472, 29.927599 ], [ -88.829308, 29.927599 ], [ -88.829308, 
39
-88.841472, 29.927599 ], [ -88.829308, 29.927599 ], [ -88.829308, 
            
40
29.86375 ], [ -88.841472, 29.86375 ], [ -88.841472, 29.927599 ] ] ] }"
40
29.86375 ], [ -88.841472, 29.86375 ], [ -88.841472, 29.927599 ] ] ] }"
            
41
    }
41
    }
            
42
  ],
42
  ],
            
43
  "groups": [],
43
  "groups": [],
            
44
  "id": "2e252cb5-0570-431c-a399-5f440f56ef30",
44
  "id": "2e252cb5-0570-431c-a399-5f440f56ef30",
            
45
  "isopen": false,
45
  "isopen": false,
            
46
  "license_id": null,
46
  "license_id": null,
            
47
  "license_title": null,
47
  "license_title": null,
            
48
  "maintainer": "data@disl.org",
48
  "maintainer": "data@disl.org",
            
49
  "maintainer_email": "data@disl.org",
49
  "maintainer_email": "data@disl.org",
            
50
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:35.334742",
50
  "metadata_created": "2022-07-27T14:34:35.334742",
            
n
51
  "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:04.145416",
n
51
  "metadata_modified": "2022-10-10T21:20:19.627233",
            
52
  "name": 
52
  "name": 
            
53
of-sediments-associated-with-co-occurring-avicennia-sp-and-s4bssb0az",
53
of-sediments-associated-with-co-occurring-avicennia-sp-and-s4bssb0az",
            
54
  "notes": "### Abstract\nAs oil was deposited differentially within 
54
  "notes": "### Abstract\nAs oil was deposited differentially within 
            
55
Chandeleur Island salt marshes, it provided the opportunity to 
55
Chandeleur Island salt marshes, it provided the opportunity to 
            
56
investigate the long-term effect on the microbiology of oil-impacted 
56
investigate the long-term effect on the microbiology of oil-impacted 
            
57
areas containing co-occurring populations of black mangrove and smooth 
57
areas containing co-occurring populations of black mangrove and smooth 
            
58
cordgrass. Genomic DNA was extracted from the top 0-7cm of sediment 
58
cordgrass. Genomic DNA was extracted from the top 0-7cm of sediment 
            
59
cores at five-time points over the course of 2 years (2017-2018) from 
59
cores at five-time points over the course of 2 years (2017-2018) from 
            
60
two salt marsh locales within the Chandeleur Islands. Microbial 
60
two salt marsh locales within the Chandeleur Islands. Microbial 
            
61
community abundance and biodiversity were characterized with 16S rRNA 
61
community abundance and biodiversity were characterized with 16S rRNA 
            
62
using Illumina MiSeq 2x 250 bp technology for 60 samples. Samples data 
62
using Illumina MiSeq 2x 250 bp technology for 60 samples. Samples data 
            
63
can be accessed at the National Center for Biotechnology Information 
63
can be accessed at the National Center for Biotechnology Information 
            
64
(NCBI) under accession number PRJNA559553 
64
(NCBI) under accession number PRJNA559553 
            
65
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA559553).\n\n### 
65
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA559553).\n\n### 
            
66
Purpose\nPaired-end reads from replicate samples provide a 
66
Purpose\nPaired-end reads from replicate samples provide a 
            
67
comprehensive view of microbial community composition and diversity in 
67
comprehensive view of microbial community composition and diversity in 
            
68
the northern Gulf of Mexico salt marsh seven and eight years after the 
68
the northern Gulf of Mexico salt marsh seven and eight years after the 
            
69
Deepwater Horizon oil spill in sediment dominated by Spartina sp. 
69
Deepwater Horizon oil spill in sediment dominated by Spartina sp. 
            
70
(smooth cordgrass) or Avicennia germinans (black mangrove).\n\n**DOI: 
70
(smooth cordgrass) or Avicennia germinans (black mangrove).\n\n**DOI: 
            
71
[doi:10.7266/4BSSB0AZ](https://www.doi.org/10.7266/4BSSB0AZ)**\n\n### 
71
[doi:10.7266/4BSSB0AZ](https://www.doi.org/10.7266/4BSSB0AZ)**\n\n### 
            
72
Suggested Citation\nNikaela Y. Flournoy. 2019. Microbial community 
72
Suggested Citation\nNikaela Y. Flournoy. 2019. Microbial community 
            
73
composition of sediments associated with co-occurring Avicennia sp. 
73
composition of sediments associated with co-occurring Avicennia sp. 
            
74
and Spartina sp. in Chandeleur Island salt marsh seven and eight years 
74
and Spartina sp. in Chandeleur Island salt marsh seven and eight years 
            
75
post-Deepwater Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13. Distributed by: 
75
post-Deepwater Horizon from 2017-05-30 to 2018-06-13. Distributed by: 
            
76
Gulf of Mexico Research Initiative Information and Data Cooperative 
76
Gulf of Mexico Research Initiative Information and Data Cooperative 
            
77
(GRIIDC), Harte Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus 
77
(GRIIDC), Harte Research Institute, Texas A&M University\u2013Corpus 
            
78
Christi. doi:10.7266/4BSSB0AZ\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico 
78
Christi. doi:10.7266/4BSSB0AZ\n\n**Funded by:** Gulf of Mexico 
            
79
Research Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research 
79
Research Initiative (GoMRI)\n\n**Funding cycle:** RFP-IV\n\n**Research 
            
80
group:** Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
80
group:** Alabama Center for Ecological Resilience (ACER)\n\n",
            
81
  "num_resources": 2,
81
  "num_resources": 2,
            
n
82
  "num_tags": 11,
n
82
  "num_tags": 0,
            
83
  "organization": {
83
  "organization": {
            
84
    "approval_status": "approved",
84
    "approval_status": "approved",
            
85
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
85
    "created": "2022-07-22T03:25:13.329710",
            
n
86
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab organization.",
n
86
    "description": "The Dauphin Island Sea Lab's (DISL) mission is to 
            
87
become a center for transformative U.S. oceanic and coastal research 
            
88
and education.. Founded in 1971 by the State of Alabama Legislature to 
            
89
maximize the marine sciences capabilities of several Alabama 
            
90
institutions and minimize duplication. \r\n\r\nLocated on the eastern 
            
91
tip of Dauphin Island, a barrier island in the northern Gulf of 
            
92
Mexico, DISL is surrounded by Mobile Bay, the Mississippi Sound, and 
            
93
the waters of the Gulf, making it a perfect location to conduct a wide 
            
94
range of marine science activity. \r\n\r\n[The University Programs 
            
95
(UP)](https://www.disl.edu/univ-prog/) serves the students of the 
            
96
Marine Environmental Sciences Consortium\u2019s (MESC) 22 public and 
            
97
private four-year colleges and universities through graduate and 
            
98
undergraduate programs. Throughout the year, graduate students conduct 
            
99
research, and attend classes while completing their degree under the 
            
100
mentorship of faculty and staff at the Dauphin Island Sea Lab.  
            
101
\r\n\r\n[The Discovery Hall Programs (DHP)](https://www.disl.edu/dhp/) 
            
102
oversees educational programs for K-12 field programs, 
            
103
teacher-training, and community outreach opportunities.  \r\n[The 
            
104
Estuarium](https://www.disl.edu/aquarium/), our public aquarium 
            
105
located on the Dauphin Island Sea Lab campus, is a part of DHP's 
            
106
educational outreach mission. The Estuarium focuses solely on the 
            
107
Mobile-Tensaw Estuary System. The BayMobile allows DHP educators to 
            
108
bring marine science to students across Alabama in the classroom and 
            
109
at community events. \r\n\r\nResearch programs at the Dauphin Island 
            
110
Sea Lab range from biogeochemistry and oceanography to ecosystem 
            
111
ecology. While much of our research focuses on the near-shore and 
            
112
estuarine processes of the northern Gulf of Mexico, field sites of our 
            
113
internationally-renowned faculty also include the Arctic, Mexico, 
            
114
Australia, and other countries.\r\n\r\nThe Dauphin Island Sea Lab also 
            
115
offers state and local government, industry, and agency 
            
116
decision-makers a range of coastal zone management services, including 
            
117
access to the nationally acclaimed data management center. Armed with 
            
118
data through the DISL data management center, entities can make 
            
119
well-informed decisions and sound policies while considering 
            
120
environmental impact. Another key contributor to successful coastal 
            
121
zone management is the Mobile Bay National Estuary Program, which 
            
122
falls within the services of DISL.\r\n\r\n",
            
87
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
123
    "id": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
n
88
    "image_url": "",
n
124
    "image_url": 
            
125
"2022-07-29-144848.512466DISL-centered-logo-w-Tag-CMYK.svg",
            
89
    "is_organization": true,
126
    "is_organization": true,
            
90
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
127
    "name": "dauphin-island-sea-lab",
            
91
    "state": "active",
128
    "state": "active",
            
92
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
129
    "title": "Dauphin Island Sea Lab",
            
93
    "type": "organization"
130
    "type": "organization"
            
94
  },
131
  },
            
95
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
132
  "owner_org": "cb136e67-d862-4b9e-af1c-e5c564cee512",
            
96
  "private": false,
133
  "private": false,
            
97
  "relationships_as_object": [],
134
  "relationships_as_object": [],
            
98
  "relationships_as_subject": [],
135
  "relationships_as_subject": [],
            
99
  "resources": [
136
  "resources": [
            
100
    {
137
    {
            
101
      "cache_last_updated": null,
138
      "cache_last_updated": null,
            
102
      "cache_url": null,
139
      "cache_url": null,
            
103
      "created": "2022-07-27T14:34:35.878041",
140
      "created": "2022-07-27T14:34:35.878041",
            
104
      "datastore_active": false,
141
      "datastore_active": false,
            
105
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
142
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": false,
            
106
      "description": null,
143
      "description": null,
            
107
      "format": "XML",
144
      "format": "XML",
            
108
      "hash": "",
145
      "hash": "",
            
109
      "id": "5d72272a-5e6f-482a-9ee6-560032e163c6",
146
      "id": "5d72272a-5e6f-482a-9ee6-560032e163c6",
            
110
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:35.791270",
147
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:35.791270",
            
111
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:36.385535",
148
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:34:36.385535",
            
112
      "mimetype": "application/xml",
149
      "mimetype": "application/xml",
            
113
      "mimetype_inner": null,
150
      "mimetype_inner": null,
            
114
      "name": "R4.x262.000-0052-metadata.xml",
151
      "name": "R4.x262.000-0052-metadata.xml",
            
115
      "package_id": "2e252cb5-0570-431c-a399-5f440f56ef30",
152
      "package_id": "2e252cb5-0570-431c-a399-5f440f56ef30",
            
116
      "position": 0,
153
      "position": 0,
            
117
      "resource_type": null,
154
      "resource_type": null,
            
118
      "size": 30554,
155
      "size": 30554,
            
119
      "state": "active",
156
      "state": "active",
            
120
      "url": 
157
      "url": 
            
121
a-5e6f-482a-9ee6-560032e163c6/download/r4.x262.000-0052-metadata.xml",
158
a-5e6f-482a-9ee6-560032e163c6/download/r4.x262.000-0052-metadata.xml",
            
122
      "url_type": "upload"
159
      "url_type": "upload"
            
123
    },
160
    },
            
124
    {
161
    {
            
125
      "cache_last_updated": null,
162
      "cache_last_updated": null,
            
126
      "cache_url": null,
163
      "cache_url": null,
            
127
      "ckan_url": "https://data.disl.edu",
164
      "ckan_url": "https://data.disl.edu",
            
128
      "created": "2022-07-27T14:34:36.439173",
165
      "created": "2022-07-27T14:34:36.439173",
            
129
      "datastore_active": true,
166
      "datastore_active": true,
            
130
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": true,
167
      "datastore_contains_all_records_of_source_file": true,
            
131
      "description": null,
168
      "description": null,
            
132
      "format": "CSV",
169
      "format": "CSV",
            
133
      "hash": "f2e1660f0dd5d5232285078e88e72187",
170
      "hash": "f2e1660f0dd5d5232285078e88e72187",
            
134
      "id": "0ef247d0-eee4-4e59-8570-fc9169b175ac",
171
      "id": "0ef247d0-eee4-4e59-8570-fc9169b175ac",
            
n
135
      "ignore_hash": false,
n
172
      "ignore_hash": true,
            
136
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:36.361262",
173
      "last_modified": "2022-07-27T14:34:36.361262",
            
137
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:04.155813",
174
      "metadata_modified": "2022-07-27T14:38:04.155813",
            
138
      "mimetype": "text/csv",
175
      "mimetype": "text/csv",
            
139
      "mimetype_inner": null,
176
      "mimetype_inner": null,
            
140
      "name": "ACER.Y3.Y4.NCBI.SRA.metadata.NYF.v3.csv",
177
      "name": "ACER.Y3.Y4.NCBI.SRA.metadata.NYF.v3.csv",
            
141
      "original_url": 
178
      "original_url": 
            
142
9-8570-fc9169b175ac/download/acer.y3.y4.ncbi.sra.metadata.nyf.v3.csv",
179
9-8570-fc9169b175ac/download/acer.y3.y4.ncbi.sra.metadata.nyf.v3.csv",
            
143
      "package_id": "2e252cb5-0570-431c-a399-5f440f56ef30",
180
      "package_id": "2e252cb5-0570-431c-a399-5f440f56ef30",
            
144
      "position": 1,
181
      "position": 1,
            
145
      "resource_id": "0ef247d0-eee4-4e59-8570-fc9169b175ac",
182
      "resource_id": "0ef247d0-eee4-4e59-8570-fc9169b175ac",
            
146
      "resource_type": null,
183
      "resource_type": null,
            
147
      "set_url_type": false,
184
      "set_url_type": false,
            
148
      "size": 27603,
185
      "size": 27603,
            
149
      "state": "active",
186
      "state": "active",
            
n
150
      "task_created": "2022-07-27 14:34:36.678580",
n
187
      "task_created": "2022-10-10 21:15:15.090724",
            
151
      "url": 
188
      "url": 
            
152
9-8570-fc9169b175ac/download/acer.y3.y4.ncbi.sra.metadata.nyf.v3.csv",
189
9-8570-fc9169b175ac/download/acer.y3.y4.ncbi.sra.metadata.nyf.v3.csv",
            
153
      "url_type": "upload"
190
      "url_type": "upload"
            
154
    }
191
    }
            
155
  ],
192
  ],
            
156
  "state": "active",
193
  "state": "active",
            
t
157
  "tags": [
t
194
  "tags": [],
            
158
    {

            
159
      "display_name": "16S rRNA",

            
160
      "id": "3d181df1-15a0-44d9-ac5a-f3fd1f1a8a01",

            
161
      "name": "16S rRNA",

            
162
      "state": "active",

            
163
      "vocabulary_id": null

            
164
    },

            
165
    {

            
166
      "display_name": "Avicennia sp.",

            
167
      "id": "754f5589-bd7c-482e-973d-5f475c6608f7",

            
168
      "name": "Avicennia sp.",

            
169
      "state": "active",

            
170
      "vocabulary_id": null

            
171
    },

            
172
    {

            
173
      "display_name": "Chandeleur Island",

            
174
      "id": "175c643b-3e3a-4320-a57c-ea9e71576cd9",

            
175
      "name": "Chandeleur Island",

            
176
      "state": "active",

            
177
      "vocabulary_id": null

            
178
    },

            
179
    {

            
180
      "display_name": "Gulf of Mexico",

            
181
      "id": "26b2a6bc-e01b-4c22-9d3f-5bbcd148cc4f",

            
182
      "name": "Gulf of Mexico",

            
183
      "state": "active",

            
184
      "vocabulary_id": null

            
185
    },

            
186
    {

            
187
      "display_name": "Louisiana",

            
188
      "id": "d7699c97-9202-4624-bb36-265d2a628a57",

            
189
      "name": "Louisiana",

            
190
      "state": "active",

            
191
      "vocabulary_id": null

            
192
    },

            
193
    {

            
194
      "display_name": "Spartina sp.",

            
195
      "id": "1835055f-23b1-41b0-92ea-ca953e4de53b",

            
196
      "name": "Spartina sp.",

            
197
      "state": "active",

            
198
      "vocabulary_id": null

            
199
    },

            
200
    {

            
201
      "display_name": "black mangrove",

            
202
      "id": "c8859420-6c8e-45c2-bcc0-ab705486a70b",

            
203
      "name": "black mangrove",

            
204
      "state": "active",

            
205
      "vocabulary_id": null

            
206
    },

            
207
    {

            
208
      "display_name": "long-term oil exposure",

            
209
      "id": "16757d03-8ba3-4ebd-aa57-723ed06cd1b3",

            
210
      "name": "long-term oil exposure",

            
211
      "state": "active",

            
212
      "vocabulary_id": null

            
213
    },

            
214
    {

            
215
      "display_name": "microbial diversity",

            
216
      "id": "7bd6b977-facd-46c7-8489-5306f2cc0201",

            
217
      "name": "microbial diversity",

            
218
      "state": "active",

            
219
      "vocabulary_id": null

            
220
    },

            
221
    {

            
222
      "display_name": "salt marsh",

            
223
      "id": "5c257f3f-a48e-47b6-a1cc-4113dc5cea33",

            
224
      "name": "salt marsh",

            
225
      "state": "active",

            
226
      "vocabulary_id": null

            
227
    },

            
228
    {

            
229
      "display_name": "smooth cordgrass",

            
230
      "id": "01756e0b-0bc0-4d71-a0ce-c52067625d1e",

            
231
      "name": "smooth cordgrass",

            
232
      "state": "active",

            
233
      "vocabulary_id": null

            
234
    }

            
235
  ],

            
236
  "title": "Microbial community composition of sediments associated 
195
  "title": "Microbial community composition of sediments associated 
            
237
with co-occurring Avicennia sp. and Spartina sp. in Chandeleur Island 
196
with co-occurring Avicennia sp. and Spartina sp. in Chandeleur Island 
            
238
salt marsh seven and eight years post-Deepwater Horizon from 
197
salt marsh seven and eight years post-Deepwater Horizon from 
            
239
2017-05-30 to 2018-06-13",
198
2017-05-30 to 2018-06-13",
            
240
  "type": "dataset",
199
  "type": "dataset",
            
241
  "url": null,
200
  "url": null,
            
242
  "version": null
201
  "version": null
            
243
}
202
}